Un documento de preimpresión decía que Covid probablemente fue producido en laboratorio. No tan rapido.

El 27 de octubre, Valentin Bruttel, inmunólogo molecular de la Universidad de Würzburg, Alemania, y los coautores Alex Washburne y Antonius VanDongen lanzó una preimpresión – un artículo científico que aún no ha pasado por el proceso de revisión por pares – con una afirmación impactante: el coronavirus SARS-CoV-2 original que causó la pandemia de Covid-19 no ha surgido en animales y no ha pasado a los humanos, como la mayoría los científicos suponen, pero lo más probable es que haya sido sintetizado en un laboratorio. Y habían desarrollado pruebas estadísticas que, según ellos, confirmaron su afirmación.

Esto fue un absoluto “Genial si es cierto” queja. Los orígenes últimos del covid son una de las preguntas abiertas más grandes de la ciencia, y si surgiera evidencia clara de que una pandemia que mató a millones comenzó con investigadores trabajando en un laboratorio, las ramificaciones para la ciencia serían inimaginables.

He pasado gran parte de la última semana examinando el trabajo de Bruttel y sus colegas y creo que su análisis no se sostiene, lo que significa que el documento no ayuda a resolver la cuestión del origen del SARS-CoV-2.

Pero aunque normalmente no me molestaría en escribir sobre una preimpresión que no resiste el escrutinio y es posible que nunca sea revisada por pares y publicada en su totalidad, por un lado, ha habido decenas de miles de preprints solo en Covid, en este caso creo que vale la pena. Esto se debe a que la afirmación original de los investigadores ha circulado ampliamente y vale la pena responderla cuidadosamente, y porque el preprint y la respuesta representan tanto lo mejor como lo peor de cómo nuestras instituciones y procesos científicos convergen hacia la verdad.

Primero, un poco de biología.

Todo lo que está compuesto por ARN, incluido el SARS-CoV-2, está formado por cadenas de cuatro nucleótidos: adenina (A), uracilo (U), guanina (G) y citosina (C). Hay aproximadamente 30 000 de estos nucleótidos en el genoma del SARS-CoV-2. Dado lo pequeño que es el alfabeto genético, esto significa que muchas cadenas cortas de nucleótidos se repetirán una y otra vez solo por coincidencia.

Cuando los investigadores realizan trabajos de laboratorio con virus, explotan algunas cadenas cortas, llamadas sitios de restricción, que aparecen repetidamente en el genoma. Esas cadenas se unirán a ciertas enzimas que los investigadores usan para cortar y pegar segmentos del virus, lo que les permite ensamblar genomas completos a partir de secuencias cortas, intercambiar diferentes secuencias para estudiar cosas diferentes y más.

Hay muchas maneras diferentes de hacer el trabajo de cortar y pegar en los virus: diferentes enzimas para usar, diferentes detalles sobre cómo usarlas. Los investigadores en la preimpresión argumentan que la investigación del coronavirus en los laboratorios, incluido el Instituto de Virología de Wuhan en 2017, 2018 y 2019, implicó trabajar con dos enzimas específicas y agregar sitios de restricción en ubicaciones estratégicas para permitir más trabajo. Luego continúan afirmando que el genoma del SARS-CoV-2 tiene sitios de restricción inusualmente espaciados de manera uniforme, junto con algunas otras características, que el análisis estadístico sugiere que es más probable que sean el producto de la síntesis de laboratorio en lugar de la aleatoriedad de la evolución.

Este es un enfoque interesante y estoy entusiasmado con el concepto general de identificar las huellas genéticas de los virus sintetizados, ya que el riesgo de los virus modificados solo aumentará en el futuro. Pero después de hablar con investigadores en virología, microbiología y genómica comparativa, no creo que los patrones de sitios de restricción en el SARS-Cov-2 sean sospechosos.

Los virus se recombinan constantemente entre sí, cada vez que comparten fragmentos de su código genético. Cada uno de los sitios de restricción identificados en el artículo está presente en otros coronavirus similares al SARS-CoV-2 que los investigadores han identificado en los últimos años. De manera crucial, las secuencias alrededor del sitio de restricción en el SARS-CoV-2 también tienden a coincidir con el ARN circundante en los otros coronavirus, lo que sugiere que todo el segmento se generó en el SARS-CoV-2 a la vez.

“Esto debería implicar que alguien no acaba de modificar el RE [restriction] sitios para coincidir con virus naturales, pero también sitios vecinos no relacionados, pero no me queda claro por qué alguien haría tal cosa “, me dijo Alex Crits-Christoph, investigador de genómica en la Universidad Johns Hopkins. hecho haciéndolo por alguna razón, los análisis estadísticos en este documento no lo detectarían: solo tienen sentido si se asume una estrategia de síntesis de virus diferente.

Esto no resuelve la cuestión de los orígenes de Covid, por supuesto. Cuando hablé con Washburne, señaló que es posible que estos coronavirus se hayan recombinado en un laboratorio. Pero significa que este documento, que extrajo inferencias estadísticas de la idea de que se utilizó una estrategia de clonación particular para modificar el virus, no explica nada de lo que necesita ser explicado.

Incluso los científicos que piensan que un origen sintético del covid-19 es una posibilidad muy real, como Alina Chan, bióloga molecular del Instituto Broad del MIT y Harvard que ha hizo el caso necesitamos una investigación completa para determinar si Covid fue un evento natural o sintético; me dijeron que pensaban que este documento no podía probar la fuerte afirmación que estaba haciendo.

Entonces, un poco de metociencia

Entonces, esta es la respuesta, a la que el debate científico sobre la Internet abierta ha llegado con bastante rapidez. A veces, sin embargo, el proceso de llegar allí fue un poco feo.

Si bien algunos investigadores comenzaron a sentirse intrigados por el artículo, otros argumentaron que no solo estaba mal, sino que obviamente era evidentemente incorrecto: “pinchazo disfrazado de ciencia, con una gran dosis de charla técnica adicional”, Kristian G. Andersen, inmunólogo de la Instituto de Investigación Scripps de San Diego, tuiteó, agregando, “no pasaría la biología molecular del jardín de infantes”. (Como padre de un niño de jardín de infantes, creo que está sobreestimando el rigor de nuestro plan de estudios de biología molecular).

Uno de los pocos científicos respetados que defendieron al periódico eliminó su cuenta de Twitter después de un alboroto. Washburne, uno de los autores, publicó toda su historia académica en respuesta a las acusaciones, es un estafador que en realidad no tenía un doctorado. (Lo hace, de hecho, de Princeton.)

Por supuesto, es frustrante ser un científico cuando se publica y circula ampliamente una preimpresión defectuosa, que incluye un tratamiento escéptico pero serio en The Economist, mientras que los detalles de por qué no es convincente son difíciles de explicar. Comprensiblemente, es enloquecedor para los científicos que se necesita mucho más esfuerzo para refutar el trabajo que para publicarlo en primer lugar, y es sorprendente lo lejos que puede viajar una pieza cuando los investigadores lo miran más de cerca.

El debate sobre los orígenes de Covid, en particular, se ha impregnado de tal defensa a través de preprints. Esta primavera le pasó lo mismo a la otra parte: A El artículo del New York Times estaba programado para publicar una preimpresión alegando orígenes naturales, para disgusto de los científicos que creían que el New York Times tendría que esperar hasta que hubiera más compromiso científico con el estudio. Se han realizado cambios sustanciales en el estudio científico durante el proceso de revisión por pares, y el proceso de revisión por pares aún está en curso, pero la mayoría de la audiencia no sigue el proceso de revisión por pares. Acaban de leer el New York Times.

¿Significa esto que deberíamos renunciar a los preprints (o al menos que nosotros, los medios, deberíamos abstenernos de publicar artículos sobre ellos)? no estoy muy seguro En primer lugar, los artículos revisados ​​por pares también pueden tener fallas evidentes y estar llenos de agujeros. Para escribir sobre ciencia, debes hacer la debida diligencia; Si un artículo es o no una preimpresión puede afectar su cálculo, pero no debería ser el único determinante.

En segundo lugar, la conversación sobre los orígenes del laboratorio ha adquirido un sesgo claramente conspirativo. Muchos de los que creen que el Covid se originó en un laboratorio también creen que la comunidad científica se ha organizado para suprimir la evidencia y castigar a cualquiera que hable sobre ello. Para contrarrestar esto, la luz del sol es de hecho el mejor desinfectante.

Me he comunicado con muchos investigadores diferentes para entender este artículo, y creo que las personas preocupadas porque los orígenes del laboratorio están siendo suprimidos indebidamente se habrían sentido alentados por lo que he escuchado. Los investigadores proporcionaron sus primeras impresiones, leyeron el artículo y refinaron sus impresiones iniciales. Algunos de ellos han desarrollado sus propias pruebas rápidas de la solidez de las conclusiones estadísticas. La gente ha estado tuiteando gráficos, argumentos, contraargumentos y, sí, algún insulto ocasional. Todos pudimos ver cómo se hacía la salchicha y, sinceramente, no estaba tan asquerosa.

A pesar de toda la furia de las redes sociales, en este caso creo que nuestro proceso científico básicamente hizo su trabajo, lo que significó determinar que este artículo realmente no cambia nuestra comprensión de los orígenes de Covid. En las edades anteriores a los servidores de prensa, toda esta ira y todos los insultos, pero también toda esta búsqueda genuina de la verdad y la curiosidad intelectual, habría ocurrido a puerta cerrada. No lamento mucho que ahora esté sucediendo abiertamente, aunque creo que los reporteros tienen mucho trabajo que hacer para asegurarse de que la verdad pueda recuperar los rumores.

Una versión de esta historia se publicó inicialmente en el boletín Future Perfect. ¡Regístrese aquí para registrarse!